C'est l’histoire de Shouko Nishimiya (une fille) et de Shoya Ishida (un garçon).

Shoya Ishida habite Ogaki dans la préfecture de Gifu, il vit en combattant l’ennui par les jeux les plus insensés qui lui viennent à l’esprit. Un jour une nouvelle élève rejoint sa classe d’école primaire : Shouko Nishimya. Elle essaie de s’y faire une place, mais cette jeune fille est atteinte de surdité, ce qui va causer quelques problèmes à ses camarades qui sont sollicités pour lui être les cours par exemple.  Le jeune Shoya va profiter des faiblesses de Shouko Nishimiya et il va l’harceler toute l’année (insultes,  violences, dégradation de matériel en dessinant sur sa table, il va même jeter ses appareils auditifs et son cahier de communications qui lui permet de communiquer... ). 

Mais tous ces amusements vont se retourner contre lui : une fois lycéen, nous découvrons que Shoya n'a plus aucun ami et plus aucune raison de vivre. Il veut donc mettre fin à ses jours, mais avant qu'il ne se lance, il se souvient qu’il n’a jamais dit pardon à cette fille qu'il harcelait. Shoya décide donc de revoir une dernière fois Shouko pour s’excuser car il est pris de remord et il espère se faire pardonner. Pour cela, il a appris intégralement la langue des signes pour communiquer avec elle et au fur et à mesure qu’ils se voient, ils commencent à développer une relation de plus en plus intime.

Et un jour il se “sacrifiera pour elle”...